Hantavirus du MV Hondius, un virus resté sous contrôle

L’alerte née sur un navire néerlandais a donné 13 cas et trois décès, sans que le virus devienne plus contagieux. Une étude internationale décrit une transmission limitée et une faible diversité génétique.

L’alerte avait pris une dimension mondiale après l’apparition d’un foyer d’hantavirus à bord du MV Hondius, un navire néerlandais, au printemps. Le bilan est resté circonscrit. Treize personnes ont été infectées, dont trois sont mortes. Les autorités sanitaires internationales ont clos l’épisode au début de l’été, aucun nouveau cas n’ayant été signalé depuis la fin du mois de mai.

Pour comprendre ce qui s’est passé, des équipes de sept pays ont uni leurs forces avec des collègues chiliens et argentins. Elles ont séquencé le génome du virus à partir d’échantillons prélevés sur dix passagers et membres d’équipage. Résultat, le pathogène ressemble de très près aux souches Andes qui circulent au Chili et en Argentine. Les génomes analysés présentent une très faible diversité génétique. Les chercheurs ont aussi écarté huit mutations qui semblaient exister, mais qui découlaient en réalité de limites techniques. Cette vérification croisée a son importance, car elle évite de tirer des conclusions à partir de fausses pistes.

Le scénario le plus solide est celui d’un saut d’espèce unique. Le virus Andes serait passé de son réservoir animal à un premier patient humain, puis se serait transmis entre personnes de façon très limitée à bord. Aucune mutation connue pour rendre l’hantavirus Andes plus transmissible ou plus virulent n’a été retrouvée. Une mutation propre à ce groupe de cas a bien été repérée, mais son effet réel reste inconnu. Les scientifiques n’ont pas non plus déterminé avec certitude où et quand le patient zéro a été contaminé, ni le mode de transmission environnementale en jeu.

Les auteurs appellent à élargir le séquençage du virus Andes chez les humains infectés et chez les rongeurs qui lui servent d’hôte, en particulier dans les zones d’Argentine et du Chili fréquentées par des personnes contaminées avant leur embarquement. Ils jugent utiles de nouvelles analyses sur les anciens passagers et membres d’équipage pour mieux cerner la transmission sur le navire, la létalité et la virulence de la souche. Sur le risque global, le virus Andes ne présente pas aujourd’hui un potentiel pandémique comparable à celui du Sars-CoV-2. Il ne dispose pas des mêmes caractéristiques de transmission aéroportée efficace, capables de le diffuser rapidement et à grande échelle entre humains.

L’enquête montre aussi l’intérêt du séquençage génomique pour comprendre les virus d’origine animale. La caractérisation rapide de l’hantavirus a permis de répondre aux inquiétudes du public et de contrer les spéculations sur un virus qui aurait muté ou été créé artificiellement. Elle plaide pour un partage large des capacités de diagnostic, de séquençage et de données entre partenaires internationaux. Une menace pathogène, où qu’elle apparaisse, peut devenir une menace pour tous.

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