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France : dans un laboratoire français, le grand livre ouvert de l’ADN

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Deux jours, à peine : c’est le temps qu’il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d’un génome humain. La révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares.

Le premier décryptage d’un génome complet, en 2003, avait nécessité plus d’une décennie de travaux internationaux et quelque trois milliards de dollars d’investissement. Délais et coûts ont fondu depuis.

« On a lancé ce matin 160 séquençages, qui prendront moins de deux jours », indique Damien Sanlaville, chef du service de génétique aux Hospices Civils de Lyon (HCL, 2e centre hospitalier universitaire français), devant les machines du laboratoire régional Auragen, en service depuis fin 2019.

C’est l’une des deux entités créées dans le cadre du plan « France Médecine Génomique 2025 » – l’autre portée par les hôpitaux parisiens.

D’un montant de 670 millions d’euros financés par l’État et des entreprises partenaires, ce plan vise notamment à mieux identifier les maladies rares, dont la 15e Journée internationale a lieu lundi.

Près de 8.000 ont été répertoriées et elles concernent environ trois millions de personnes en France, dont une grande majorité d’enfants. Leur prévalence est faible : une maladie est dite « rare » quand elle touche moins d’un individu sur 2.000.

Cette rareté engendre souvent une errance diagnostique, parfois durant plusieurs années : « pour lutter, encore faut-il savoir quel est l’ennemi », souligne M. Sanlaville.

Or, 80% de ces pathologies ont une origine génétique : d’où l’intérêt de pouvoir déchiffrer rapidement un ADN pour en déceler les éventuelles anomalies, en lien avec une plateforme régionale d’expertise médicale (Lyon et quatre autres villes).

L’accès au séquençage est soumis aux pré-indications de la Haute Autorité de Santé, soit 63 pathologies au 1er mars. Avec l’objectif de déchiffrer à Lyon comme à Paris, 18.000 génomes par an d’ici à 2025.

 Passe-plats

À l’hôpital Édouard-Herriot à Lyon, le séquençage à haut débit est assuré par quatre machines NovaSeq 6000 de l’entreprise américaine Illumina, à un million d’euros pièce.

Ces gros cubes blancs, qui pèsent une tonne mais ne bourdonnent guère plus qu’un appareil électro-ménager, tournent six jours sur sept, par cycles de 44 heures, pour lire les trois milliards de « paires de bases » composant l’ADN d’un individu.

« Le génome, c’est un grand livre dont les chapitres seraient les chromosomes, les gènes les paragraphes, et les phrases une succession de lettres », compare Christine Vinciguerra, directrice médicale d’Auragen. Soit A, T, G et C, initiales des quatre bases azotées de l’alphabet biologique: Adénine, Thymine, Guanine et Cytosine.

Le laboratoire Auragen est organisé en circuit fermé autour d’un système de « passe-plats » hermétiques entre les pièces, afin d’éviter toute contamination des échantillons sanguins durant leur préparation. Ici tout est automatisé, ou presque, de l’extraction de l’ADN au travail des séquenceurs.

Ceux-ci répètent leur opération de lecture 30 fois, pour être le plus précis possible; les données brutes sont ensuite traitées à Grenoble (à une centaine de kilomètres de Lyon) par des bio-informaticiens, afin de permettre leur analyse génétique, puis une interprétation biologique et clinique. Un travail de quatre à six mois, au terme duquel des solutions thérapeutiques peuvent être proposées au patient.

« Nous intervenons dans un cadre de soins », insiste Damien Sanlaville, même si les informations recueillies, qui représentent déjà deux pétaoctets de stockage pour Auragen, rejoindront parallèlement un « collecteur analyseur de données » qui sera ouvert – sous conditions – aux chercheurs.

Depuis sa mise en service, le laboratoire, destiné aussi à la cancérologie, a traité pour les maladies rares près de 8.000 génomes venant de patients et de leurs proches. Parmi ces dossiers, dont beaucoup de syndromes malformatifs, de myopathies ou de déficiences intellectuelles, 37% ont été « concluants ».

« Plus d’une fois sur trois, on a trouvé quelque chose », résume Christine Vinciguerra. « Quand on ne trouve rien, c’est peut-être qu’on ne sait pas encore où regarder, mais les progrès à venir pourront nous le dire. »

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Économie

Auchan annonce 2 389 suppressions de postes pour relancer sa croissance

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Auchan annonce 2 389 suppressions de postes pour relancer sa croissance

Le groupe de distribution Auchan, après des années de turbulences financières, prévoit la suppression de 2 389 emplois en France dans le cadre d’un plan de redressement. Cette restructuration affectera les sièges, les hypermarchés et entraînera la fermeture de plusieurs points de vente.

Le groupe nordiste Auchan, appartenant au puissant groupe familial Mulliez, a annoncé ce mardi 5 novembre une réduction importante de ses effectifs en France. À l’instar de son concurrent Casino, qui a récemment engagé des démarches similaires, l’enseigne prévoit de supprimer précisément 2 389 postes parmi ses 54 000 salariés. Ce plan vise à rétablir la compétitivité et à réorganiser les activités du distributeur en difficulté, en consolidant sa logistique et en adoptant une nouvelle stratégie commerciale.

Le détail du projet de restructuration révèle que 784 postes seront supprimés dans les sièges de l’entreprise, tandis que 915 postes disparaîtront dans les hypermarchés. De plus, dix magasins, incluant des hypermarchés et des points de proximité, cesseront leur activité, ce qui entraînera la perte de 466 emplois supplémentaires. Plusieurs fonctions au sein des hypermarchés sont également appelées à disparaître, notamment celles de responsables commerciaux, de conseillers en vente, ainsi que des postes liés à la gestion de la masse salariale et à la sécurité.

Afin d’atténuer l’impact social de cette décision, la direction d’Auchan affirme vouloir limiter les licenciements secs. Un plan d’accompagnement a été proposé, intégrant des formations de reconversion, des congés de reclassement et des dispositifs de départ volontaire pour soutenir les salariés touchés.

Face à des années de déclin financier, Auchan espère, par cette réorganisation, retrouver une dynamique de croissance et redéfinir sa présence sur le marché français.

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France

Samuel Patry : Un procès sous haute tension pour juger les instigateurs de la haine

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Samuel Patry : Un procès sous haute tension pour juger les instigateurs de la haine

Quatre ans après l’assassinat brutal de Samuel Paty, un procès historique s’ouvre pour juger ceux accusés d’avoir participé à la campagne de haine contre le professeur d’histoire. Huit adultes comparaissent pour répondre de leurs actes devant la cour d’assises spéciale de Paris.

L’assassinat de Samuel Paty, décapité le 16 octobre 2020 à Conflans-Sainte-Honorine par Abdoullakh Anzorov, un jeune radicalisé, continue de hanter la société française. Aujourd’hui, huit adultes sont appelés à la barre de la cour d’assises spéciale de Paris pour répondre de leur implication présumée dans cette tragédie. Parmi eux, deux amis de l’assaillant, accusés de complicité d’assassinat terroriste, risquent la réclusion criminelle à perpétuité. Les six autres, accusés de participation à une association de malfaiteurs terroriste, encourent des peines de 30 ans de prison.

Ce procès est d’autant plus marquant que l’accusation dénonce une chaîne d’actes délibérés ayant désigné Samuel Paty comme une cible. En effet, deux des accusés, Brahim Chnina, père de la collégienne à l’origine de fausses accusations contre le professeur, et Abdelhakim Sefrioui, militant islamiste, sont suspectés d’avoir relayé les mensonges de l’adolescente sur les réseaux sociaux. Ces publications, selon les enquêteurs, visaient à attiser la haine et ont contribué à la mise en danger du professeur, figure aujourd’hui devenue symbole de la lutte contre le fanatisme en France.

La révélation de la vulnérabilité de Samuel Paty dans les jours précédant son assassinat renforce le sentiment d’incompréhension et de tragédie. Menacé après un cours sur la liberté d’expression, il avait manifesté sa peur auprès de ses collègues, mais n’a reçu aucune protection, alors qu’il était déjà dans la ligne de mire d’individus radicalisés. Les échanges avec ses collègues, où il confie son sentiment d’insécurité et ses demandes de soutien, témoignent de l’angoisse qui l’habitait, tristement symbolisée par le marteau retrouvé dans son sac à dos, dérisoire tentative de protection personnelle.

La cour présidée par le magistrat Franck Zientara, qui a déjà dirigé le procès de l’attentat de Saint-Étienne-du-Rouvray, se réunit au sein de la salle des grands procès du palais de justice de Paris, renforçant le caractère historique et symbolique de cette audience. Les débats promettent d’être intenses, avec la participation du Parquet national antiterroriste représenté par Nicolas Braconnay et Marine Valentin, qui rappelleront les enjeux de cette affaire emblématique des défis posés par l’islamisme radical en France.

Pour la famille de Samuel Paty, ce procès est une étape cruciale pour obtenir justice, mais également pour susciter une prise de conscience sociétale. Les avocats de Mickaëlle Paty, l’une des sœurs du professeur, expriment l’espoir que cette audience expose la réalité de l’islamisme radical et renforce la vigilance collective face aux menaces terroristes. Jusqu’au 20 décembre, ce procès devrait, au-delà de l’émotion, poser les bases d’une réflexion sur les responsabilités et les mécanismes de propagande haineuse ayant conduit à la mort de cet enseignant.

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Budget 2025 : bras de fer sur la lutte contre la fraude fiscale

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Budget 2025 : bras de fer sur la lutte contre la fraude fiscale

La Commission des finances de l’Assemblée nationale a voté des amendements proposés par le Nouveau Front Populaire, allouant 590 millions d’euros supplémentaires à la lutte contre la fraude fiscale. Ces mesures, qui incluent la création de 4 500 postes, restent toutefois suspendues à l’approbation de l’hémicycle.

Alors que le gouvernement cherche à économiser 60 milliards d’euros pour redresser les finances publiques, la lutte contre l’évasion fiscale est l’un des secteurs visés par les restrictions budgétaires. Cependant, la Commission des finances de l’Assemblée nationale s’est opposée à cette approche, adoptant jeudi plusieurs amendements déposés par le Nouveau Front Populaire (NFP) afin de renforcer les moyens de lutte contre la fraude fiscale. En plus d’injecter 590 millions d’euros supplémentaires, ces amendements prévoient la création de 4 000 postes d’inspecteurs des Finances et 500 postes de douaniers, ainsi que la mise en place d’un service d’expertise pour analyser les schémas de fraude complexes.

Cette décision, qui inclut également le maintien de 550 postes que le gouvernement envisageait de supprimer au sein de la direction générale des finances publiques (DGFiP), a suscité des tensions au sein de la commission. Les députés du groupe présidentiel, menés par Jean-René Cazeneuve, se sont fermement opposés au projet, dénonçant une inflation des besoins budgétaires qui, selon eux, excède largement les contraintes financières. Perrine Goulet, députée MoDem, a également critiqué la démarche, la qualifiant de « surdimensionnée » et regrettant qu’une telle approche ait peu de chances d’aboutir en l’état. À l’inverse, la gauche parlementaire a vigoureusement soutenu l’initiative. Le député LFI Jérôme Legavre, rapporteur du texte, a souligné la situation critique des services de contrôle fiscal, affirmant que « les services sont actuellement à l’os » malgré l’importance cruciale de leur mission.

Cette augmentation de budget doit néanmoins être ratifiée dans l’hémicycle, où les tractations s’annoncent tendues. Le vote solennel sur la partie « recettes » du budget 2025 est prévu le 7 novembre, bien qu’un report de quelques jours reste envisageable. Le gouvernement n’exclut pas le recours à l’article 49.3 de la Constitution, qui permettrait d’adopter le budget sans vote, un outil potentiellement décisif dans un contexte où le soutien à ces amendements n’est pas assuré.

Les données les plus récentes du ministère de l’Économie soulignent l’ampleur de la fraude fiscale en France, avec 15,2 milliards d’euros recouvrés en 2023, un montant en hausse par rapport aux années précédentes. Cependant, des études récentes estiment que moins de 20 % des sommes frauduleuses sont détectées par les autorités, une évaluation qui motive en partie la démarche du NFP en faveur d’un renforcement des moyens de contrôle.

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