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France : dans un laboratoire français, le grand livre ouvert de l’ADN

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Deux jours, à peine : c’est le temps qu’il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d’un génome humain. La révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares.

Le premier décryptage d’un génome complet, en 2003, avait nécessité plus d’une décennie de travaux internationaux et quelque trois milliards de dollars d’investissement. Délais et coûts ont fondu depuis.

« On a lancé ce matin 160 séquençages, qui prendront moins de deux jours », indique Damien Sanlaville, chef du service de génétique aux Hospices Civils de Lyon (HCL, 2e centre hospitalier universitaire français), devant les machines du laboratoire régional Auragen, en service depuis fin 2019.

C’est l’une des deux entités créées dans le cadre du plan « France Médecine Génomique 2025 » – l’autre portée par les hôpitaux parisiens.

D’un montant de 670 millions d’euros financés par l’État et des entreprises partenaires, ce plan vise notamment à mieux identifier les maladies rares, dont la 15e Journée internationale a lieu lundi.

Près de 8.000 ont été répertoriées et elles concernent environ trois millions de personnes en France, dont une grande majorité d’enfants. Leur prévalence est faible : une maladie est dite « rare » quand elle touche moins d’un individu sur 2.000.

Cette rareté engendre souvent une errance diagnostique, parfois durant plusieurs années : « pour lutter, encore faut-il savoir quel est l’ennemi », souligne M. Sanlaville.

Or, 80% de ces pathologies ont une origine génétique : d’où l’intérêt de pouvoir déchiffrer rapidement un ADN pour en déceler les éventuelles anomalies, en lien avec une plateforme régionale d’expertise médicale (Lyon et quatre autres villes).

L’accès au séquençage est soumis aux pré-indications de la Haute Autorité de Santé, soit 63 pathologies au 1er mars. Avec l’objectif de déchiffrer à Lyon comme à Paris, 18.000 génomes par an d’ici à 2025.

 Passe-plats

À l’hôpital Édouard-Herriot à Lyon, le séquençage à haut débit est assuré par quatre machines NovaSeq 6000 de l’entreprise américaine Illumina, à un million d’euros pièce.

Ces gros cubes blancs, qui pèsent une tonne mais ne bourdonnent guère plus qu’un appareil électro-ménager, tournent six jours sur sept, par cycles de 44 heures, pour lire les trois milliards de « paires de bases » composant l’ADN d’un individu.

« Le génome, c’est un grand livre dont les chapitres seraient les chromosomes, les gènes les paragraphes, et les phrases une succession de lettres », compare Christine Vinciguerra, directrice médicale d’Auragen. Soit A, T, G et C, initiales des quatre bases azotées de l’alphabet biologique: Adénine, Thymine, Guanine et Cytosine.

Le laboratoire Auragen est organisé en circuit fermé autour d’un système de « passe-plats » hermétiques entre les pièces, afin d’éviter toute contamination des échantillons sanguins durant leur préparation. Ici tout est automatisé, ou presque, de l’extraction de l’ADN au travail des séquenceurs.

Ceux-ci répètent leur opération de lecture 30 fois, pour être le plus précis possible; les données brutes sont ensuite traitées à Grenoble (à une centaine de kilomètres de Lyon) par des bio-informaticiens, afin de permettre leur analyse génétique, puis une interprétation biologique et clinique. Un travail de quatre à six mois, au terme duquel des solutions thérapeutiques peuvent être proposées au patient.

« Nous intervenons dans un cadre de soins », insiste Damien Sanlaville, même si les informations recueillies, qui représentent déjà deux pétaoctets de stockage pour Auragen, rejoindront parallèlement un « collecteur analyseur de données » qui sera ouvert – sous conditions – aux chercheurs.

Depuis sa mise en service, le laboratoire, destiné aussi à la cancérologie, a traité pour les maladies rares près de 8.000 génomes venant de patients et de leurs proches. Parmi ces dossiers, dont beaucoup de syndromes malformatifs, de myopathies ou de déficiences intellectuelles, 37% ont été « concluants ».

« Plus d’une fois sur trois, on a trouvé quelque chose », résume Christine Vinciguerra. « Quand on ne trouve rien, c’est peut-être qu’on ne sait pas encore où regarder, mais les progrès à venir pourront nous le dire. »

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Otages : L’ex-détenu en Iran, Louis Arnaud, est arrivé en France

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Otages : L’ex-détenu en Iran, Louis Arnaud, est arrivé en France

Le Français était détenu en Iran depuis 2022, alors qu’un tour du monde l’avait emmené jusqu’en Iran. Il est enfin rentré en France.

L’ex-détenu en Iran, Louis Arnaud, a atterri ce jeudi matin en France. Après avoir serré la main du ministre des Affaires étrangères, Stéphane Séjourné, présent au pied de la passerelle du petit avion qui l’a transporté à l’aéroport du Bourget, près de Paris, il a ensuite longuement étreint son père, puis sa mère, venus l’accueillir. Visiblement fatigué mais souriant, il s’est dirigé, bras dessus bras dessous avec ses proches, vers un salon hors du champ des caméras, sans monter directement dans l’ambulance mise à disposition.

Le président Emmanuel Macron avait annoncé sa libération mercredi, exhortant Téhéran à libérer « sans délai » les trois autres Français encore détenus dans ce pays. « Louis Arnaud est libre. Il sera demain en France après une trop longue incarcération en Iran », a annoncé le président dans un message posté sur X (anciennement Twitter). « Je remercie nos amis omanais et tous ceux qui ont œuvré à cette issue heureuse », a-t-il écrit. Le trentenaire avait entamé un tour du monde en juillet 2022 qui l’avait mené jusqu’en Iran, « un pays qu’il rêvait de visiter depuis longtemps pour la richesse de son histoire et l’accueil de ses habitants », avait relaté sa mère Sylvie Arnaud il y a quelques mois.

Le consultant avait été arrêté en septembre 2022 avec d’autres Européens accusés d’avoir participé aux manifestations après la mort de Mahsa Amini, une jeune Kurde iranienne décédée après son arrestation par la police des mœurs. Ses compagnons de voyage avaient été assez vite libérés, mais Louis Arnaud était resté en prison avant d’être condamné, en novembre dernier, à cinq ans de prison pour propagande et atteinte à la sécurité de l’État iranien. Sa condamnation avait été jugée « inacceptable » par Paris.

« Les accusations portées à son encontre, à savoir propagande et atteinte à la sécurité de l’État iranien, sont totalement infondées », ne cessait de marteler sa mère. Les trois autres Français encore détenus dans les geôles iraniennes sont le couple Cécile Kohler et Jacques Paris, arrêtés en mai 2022, ainsi qu’un Français prénommé Olivier, dont le nom n’a pas été rendu public.

« Nous allons évidemment continuer nos efforts pour les trois Français qui restent incarcérés en Iran », a indiqué la source diplomatique.

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Législatives : le RN à 31 %, la gauche unie à 28 % et la majorité à 18 %, selon un sondage

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Législatives : le RN à 31 %, la gauche unie à 28 % et la majorité à 18 %, selon un sondage

Le RN obtiendrait 31 % des voix au premier tour des législatives le 30 juin devant l’alliance de gauche à 28 %, la majorité à 18 % et LR à 6,5 %, selon un sondage Elabe qui donne une majorité relative en sièges au parti de Jordan Bardella à l’issue du second tour le 7 juillet.

Le Rassemblement National (RN) obtiendrait 31 % des voix au premier tour des législatives le 30 juin, devant l’alliance de gauche à 28 %, la majorité présidentielle à 18 % et Les Républicains (LR) à 6,5 %, selon un sondage Elabe. Ce sondage prévoit une majorité relative en sièges pour le parti de Jordan Bardella à l’issue du second tour le 7 juillet.

Dans cette enquête réalisée pour BFMTV et La Tribune Dimanche, « en fonction du rapport de force actuel mesuré dans l’intention de vote et du résultat aux élections précédentes, le Rassemblement National obtiendrait entre 220 et 270 sièges, l’alliance de gauche entre 150 et 190 sièges, Renaissance/alliés entre 90 et 130 sièges, LR/DVD entre 30 et 40 sièges et les autres forces politiques entre 10 et 20 sièges ».

L’institut précise que ce sondage a été réalisé « en majeure partie » avant la conférence de presse d’Emmanuel Macron.

Selon cette enquête, 57 % des inscrits sur les listes électorales se disent certains d’aller voter et 10 % l’envisagent sérieusement.

58 % des Français, et 56 % des électeurs LR, estiment qu’Éric Ciotti a eu tort de se prononcer pour un accord avec le RN.

43 % des Français considèrent que le RN va gagner les élections et avoir le plus de députés, 10 % l’alliance de gauche, 10 % la majorité présidentielle et 37 % ne savent pas.

Le sondage a été réalisé par internet du 11 au 12 juin auprès d’un échantillon de 1 502 personnes représentatif des résidents de France métropolitaine âgés de 18 ans et plus, dont 1 422 inscrits sur les listes électorales. Selon les résultats, la marge d’erreur est comprise entre 1,1 et 2,5 % à la hausse ou à la baisse.

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Nouveau séisme à droite : Eric Zemmour annonce l’exclusion de Marion Maréchal de Reconquête

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Nouveau séisme à droite : Eric Zemmour annonce l'exclusion de Marion Maréchal de Reconquête

Eric Zemmour a annoncé mercredi l’exclusion de Reconquête de sa tête de liste aux élections européennes, Marion Maréchal, dénonçant une « trahison » de l’eurodéputée qui venait d’appeler à voter pour les candidats soutenus par le Rassemblement National aux législatives anticipées.

La dissolution de l’Assemblée nationale rebat des cartes et le jeu des alliances commence. À gauche, tout le monde s’unit contre l’extrême droite, malgré les désaccords de longue date. La macronie appelle tous les partis à collaborer, y compris le PS avec les LR.

« Elle accomplit le bout du chemin, c’est-à-dire qu’elle s’exclut d’elle-même de ce parti qu’elle a toujours méprisé », a affirmé Eric Zemmour, accusant son ex-alliée de « mentir » et d’être « entourée par des professionnels de la trahison ». Lors d’un point de presse tenu un peu plus tôt, Marion Maréchal s’était montrée très offensive envers le président de son parti, dénonçant la « triple faute » d’Eric Zemmour à qui elle reproche de vouloir présenter des candidats Reconquête contre le RN.

« Présenter des candidats de Reconquête dans les circonscriptions législatives, c’est prendre le risque infini de faire gagner des députés macronistes ou d’extrême gauche », avait-elle affirmé, refusant de « participer à une énième division des droites » et actant la fracture avec M. Zemmour.

Ces accusations ont été réfutées par ce dernier : « Je suis et je serai toujours pour le rassemblement. J’affirme que Reconquête et moi-même sommes prêts à retirer des candidats en cas d’accord avec le RN, les LR et tous les autres partis de bonne volonté », a-t-il écrit sur X, se disant « écoeuré et blessé ».

Les dissensions entre le candidat malheureux à la présidentielle, qui a multiplié les attaques envers le RN, et Mme Maréchal, plus encline à l’ouverture, avaient animé les derniers jours, jusqu’à l’abandon des négociations entre Reconquête et le parti à la flamme mardi.

« Nous refusons le principe de candidatures de division », contre l’alliance conclue entre le patron exclu des Républicains Eric Ciotti et le Rassemblement national, a lancé mercredi Mme Maréchal. Elle était accompagnée de Guillaume Peltier et Nicolas Bay, vice-présidents de Reconquête, et Laurence Trochu. Les trois, ainsi que Marion Maréchal, ont été élus eurodéputés Reconquête dimanche.

« Ils devraient remettre leur mandat, ils sont quatre députés européens qui trahissent tous nos militants 48 heures après (leur élection). C’est le record du monde de la trahison », a lancé Eric Zemmour.

Après la déclaration de Marion Maréchal, le président du RN, Jordan Bardella, grand vainqueur des européennes, avait salué « une déclaration responsable qui va dans le sens d’une dynamique patriote pour gagner et pour agir demain », dans un message publié sur X. La veille, il avait frontalement attaqué Eric Zemmour, estimant que « les invectives qu’il a multipliées à l’égard du Rassemblement national et les positions parfois très excessives qu’il peut prendre ont rendu les conditions d’un accord caduques ».

Plusieurs sources ont par ailleurs confirmé une information selon laquelle quatre membres de Reconquête, réputés proches de Marion Maréchal, ont décroché mercredi une investiture RN pour les législatives. Pourrait-il y en avoir davantage ? « Dans le projet d’accord avec le RN qui a finalement capoté, il y avait 60 circonscriptions, dont dix à quinze gagnables… », souffle un connaisseur du dossier.

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