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France : dans un laboratoire français, le grand livre ouvert de l’ADN

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Deux jours, à peine : c’est le temps qu’il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d’un génome humain. La révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares.

Le premier décryptage d’un génome complet, en 2003, avait nécessité plus d’une décennie de travaux internationaux et quelque trois milliards de dollars d’investissement. Délais et coûts ont fondu depuis.

« On a lancé ce matin 160 séquençages, qui prendront moins de deux jours », indique Damien Sanlaville, chef du service de génétique aux Hospices Civils de Lyon (HCL, 2e centre hospitalier universitaire français), devant les machines du laboratoire régional Auragen, en service depuis fin 2019.

C’est l’une des deux entités créées dans le cadre du plan « France Médecine Génomique 2025 » – l’autre portée par les hôpitaux parisiens.

D’un montant de 670 millions d’euros financés par l’État et des entreprises partenaires, ce plan vise notamment à mieux identifier les maladies rares, dont la 15e Journée internationale a lieu lundi.

Près de 8.000 ont été répertoriées et elles concernent environ trois millions de personnes en France, dont une grande majorité d’enfants. Leur prévalence est faible : une maladie est dite « rare » quand elle touche moins d’un individu sur 2.000.

Cette rareté engendre souvent une errance diagnostique, parfois durant plusieurs années : « pour lutter, encore faut-il savoir quel est l’ennemi », souligne M. Sanlaville.

Or, 80% de ces pathologies ont une origine génétique : d’où l’intérêt de pouvoir déchiffrer rapidement un ADN pour en déceler les éventuelles anomalies, en lien avec une plateforme régionale d’expertise médicale (Lyon et quatre autres villes).

L’accès au séquençage est soumis aux pré-indications de la Haute Autorité de Santé, soit 63 pathologies au 1er mars. Avec l’objectif de déchiffrer à Lyon comme à Paris, 18.000 génomes par an d’ici à 2025.

 Passe-plats

À l’hôpital Édouard-Herriot à Lyon, le séquençage à haut débit est assuré par quatre machines NovaSeq 6000 de l’entreprise américaine Illumina, à un million d’euros pièce.

Ces gros cubes blancs, qui pèsent une tonne mais ne bourdonnent guère plus qu’un appareil électro-ménager, tournent six jours sur sept, par cycles de 44 heures, pour lire les trois milliards de « paires de bases » composant l’ADN d’un individu.

« Le génome, c’est un grand livre dont les chapitres seraient les chromosomes, les gènes les paragraphes, et les phrases une succession de lettres », compare Christine Vinciguerra, directrice médicale d’Auragen. Soit A, T, G et C, initiales des quatre bases azotées de l’alphabet biologique: Adénine, Thymine, Guanine et Cytosine.

Le laboratoire Auragen est organisé en circuit fermé autour d’un système de « passe-plats » hermétiques entre les pièces, afin d’éviter toute contamination des échantillons sanguins durant leur préparation. Ici tout est automatisé, ou presque, de l’extraction de l’ADN au travail des séquenceurs.

Ceux-ci répètent leur opération de lecture 30 fois, pour être le plus précis possible; les données brutes sont ensuite traitées à Grenoble (à une centaine de kilomètres de Lyon) par des bio-informaticiens, afin de permettre leur analyse génétique, puis une interprétation biologique et clinique. Un travail de quatre à six mois, au terme duquel des solutions thérapeutiques peuvent être proposées au patient.

« Nous intervenons dans un cadre de soins », insiste Damien Sanlaville, même si les informations recueillies, qui représentent déjà deux pétaoctets de stockage pour Auragen, rejoindront parallèlement un « collecteur analyseur de données » qui sera ouvert – sous conditions – aux chercheurs.

Depuis sa mise en service, le laboratoire, destiné aussi à la cancérologie, a traité pour les maladies rares près de 8.000 génomes venant de patients et de leurs proches. Parmi ces dossiers, dont beaucoup de syndromes malformatifs, de myopathies ou de déficiences intellectuelles, 37% ont été « concluants ».

« Plus d’une fois sur trois, on a trouvé quelque chose », résume Christine Vinciguerra. « Quand on ne trouve rien, c’est peut-être qu’on ne sait pas encore où regarder, mais les progrès à venir pourront nous le dire. »

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Le PDG de Casino, Jean-Charles Naouri, placé en garde dans le cadre d’une enquête pour « manipulation »

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L’enquête préliminaire a été ouverte en 2020 par le Parquet national financier pour « manipulation de cours en bande organisée, corruption privée active et passive » et « délit d’initié ».

Le PDG de Casino, Jean-Charles Naouri, a été placé jeudi 1er juin matin en garde à vue dans les locaux de la brigade financière (BF) de la police judiciaire parisienne.

Le placement en garde à vue de Jean-Charles Naouri se fait dans le cadre d’une enquête ouverte en février 2020 par le parquet national financier (PNF) pour « manipulation de cours en bande organisée », « corruption active privée et passive » ainsi que « délit d’initié commis courant 2018 et 2019 ».

Le groupe Casino a publié de mauvais chiffres pour son premier trimestre 2023, avec des ventes en baisse de 2,3% en France dans un contexte de forte inflation. Sa dette n’a pas baissé par rapport à fin 2022, stable à 4,5 milliards d’euros. Les résultats financiers du groupe pèsent sur le cours de bourse de Casino, qui tutoyait les 80 euros au milieu des années 2010 et s’échange autour des 7 euros aujourd’hui.

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Perquisition à l’IHU de Marseille : les pratiques de Didier Raoult remises en question

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Perquisition à l'IHU de Marseille : les pratiques de Didier Raoult remises en question
©IhuMarseille

Une perquisition est en cours depuis mercredi matin à l’IHU Méditerranée Infection fondé par le professeur Didier Raoult, dans le cadre de l’information judiciaire ouverte en 2022 par le parquet de Marseille.

L’Institut hospitalo-universitaire Méditerranée infection (IHU) de Marseille, déjà secoué par les récentes accusations d’essais cliniques controversés, a été perquisitionné aujourd’hui par des enquêteurs de l’Office central de lutte contre les atteintes à l’environnement et à la santé publique (OCLAESP). Cette perquisition intervient dans le cadre de l’information judiciaire en cours ouverte l’année dernière, comme l’a précisé la procureure de la République de Marseille, Dominique Laurens.

L’institut dirigé autrefois par le Professeur Didier Raoult est au cœur d’une controverse croissante depuis que des allégations d’essais cliniques sauvages ont été portées à sa connaissance. Ces essais auraient été réalisés sur pas moins de 30 000 patients pendant l’épidémie de Covid-19. À l’époque, le virus venait d’arriver en France et le Professeur Didier Raoult, alors directeur de l’hôpital, avait annoncé avoir trouvé un traitement prometteur : l’hydroxychloroquine.

Cependant, plusieurs médecins et pharmacologues ont vivement critiqué les méthodes utilisées par certains biologistes et cliniciens de l’IHU, notamment pendant la crise sanitaire. Dans une tribune publiée dans Le Monde le 28 mai, ces professionnels de la santé dénoncent de graves manquements aux règles élémentaires de la réglementation en matière de santé et de recherche.

Suite à la parution de cette tribune, l’Agence nationale de sécurité du médicament (ANSM) a annoncé qu’elle allait saisir la justice concernant ces essais cliniques présumés, qui semblent avoir été menés en dehors des cadres juridiques régissant ce type d’expériences. Cette décision de l’ANSM marque une nouvelle étape dans l’enquête en cours et reflète la volonté de faire toute la lumière sur ces pratiques médicales controversées.

L’IHU de Marseille, renommé pour ses travaux de recherche dans le domaine des maladies infectieuses, est désormais confronté à un défi majeur pour regagner la confiance du public et rétablir sa réputation. Les résultats de l’enquête en cours permettront de déterminer les éventuelles responsabilités et conséquences légales découlant de ces essais cliniques présumés.

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TotalÉnergies, assigné en justice pour « inaction climatique », au tribunal ce mercredi

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TotalÉnergies, assigné en justice pour « inaction climatique », au tribunal ce mercredi

Ils appellent un géant pétrolier à réduire urgemment son empreinte carbone. Sous pression, TotalEnergies retrouve ce mercredi 31 mai les militants du climat au tribunal de Paris : une coalition d’ONG et de collectivités, dont les villes de Paris et de New York, demande à la justice de contraindre le géant pétrogazier à aligner sa stratégie climatique sur l’Accord de Paris.

La décision des juges n’est pas attendue avant 2024 ou même 2025. Mais l’audience de mercredi, sera une des premières occasions de voir ferrailler le groupe français contre la coalition de six ONG (Sherpa, France Nature Environnement,…) et seize collectivités (les villes de Grenoble, Bayonne ou Nanterre, notamment) qui l’accusent d’« inaction climatique ».

Suspension des nouveaux projets pétroliers et gaziers

Sans attendre, la coalition demande au juge de la mise en état – un magistrat chargé de trancher des questions préalables à l’examen du dossier – de prendre une mesure provisoire exceptionnelle : ordonner à TotalEnergies de « suspendre les projets d’exploration et d’exploitation de nouveaux gisements d’hydrocarbures n’ayant pas fait l’objet d’une décision finale d’investissement », et ce jusqu’au jugement de l’affaire sur le fond.

Pour justifier l’urgence, la coalition, rejointe en 2022 par New York et Paris, invoque, entre autres, les propos du chef de l’ONU : Antonio Guterres pointait du doigt en janvier ces entreprises qui promeuvent un modèle économique « incompatible avec la survie de l’humanité ».

La coalition s’appuie aussi sur l’Agence internationale de l’énergie (AIE), qui a jugé nécessaire en 2021 de cesser tout nouveau projet d’exploration d’hydrocarbures pour respecter l’accord de Paris.

Procédure déboutée pour Eacop

En face, les avocats de TotalEnergies plaideront pour contester la recevabilité de l’action judiciaire. Celle-ci remonte à janvier 2020 quand la coalition a assigné TotalEnergies pour manquement à « son devoir de vigilance » sur l’impact environnemental de ses activités. Un devoir imposé depuis 2017 par une loi française pionnière sur la responsabilité des entreprises.

Pour la coalition, la stratégie climat de TotalEnergies, un des 20 plus gros émetteurs de CO2 au monde, était « clairement insuffisante » au regard de l’accord de Paris.

Elle espère obtenir un équivalent français de l’affaire Shell : en 2021, un tribunal des Pays-Bas, saisi par des ONG, avait condamné le géant pétrolier à accélérer son plan de réduction de gaz à effet de serre. Shell a fait appel.

Dans une autre procédure menée en France au nom du « devoir de vigilance », les ONG qui attaquaient TotalEnergies pour son mégaprojet pétrolier Tilenga-Eacop en Ouganda et en Tanzanie, ont été déboutées en février par le tribunal de Paris.

Face aux pressions de l’opinion, du gouvernement ou même de certains actionnaires, le PDG de TotalEnergies Patrick Pouyanné a défendu pied-à-pied vendredi sa stratégie climatique, pendant l’assemblée générale du groupe. Le groupe prévoit de consacrer un tiers de ses investissements aux énergies bas carbone dans la décennie, mais reste associé au pétrole et bientôt encore plus au gaz, sa priorité.

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