Sanitaire animal, le partage des rôles passe mal chez certains éleveurs

La ministre de l’Agriculture vient de dévoiler les orientations de la réforme du sanitaire animal. Entre filières mises à contribution et Etat qui garde la main sur les indemnisations, le texte ne fait pas que des heureux.

Lancées en janvier 2025, les Assises du sanitaire devaient offrir un grand coup de neuf à la gouvernance et à la gestion de la santé animale en France. Le contexte s’y prêtait. Les troupeaux bovins et ovins affrontaient alors la maladie hémorragique épizootique et la fièvre catarrhale ovine, tandis que les volailles sortaient tout juste d’années éprouvantes marquées par l’influenza aviaire. Cette dernière a coûté plus de 1,5 milliard d’euros à l’Etat, dont des dizaines de millions rien que pour rendre la vaccination des canards obligatoire.

Le calendrier, lui, n’a pas résisté. La crise de la dermatose nodulaire contagieuse a entraîné l’abattage de plus de 3 300 bovins entre juin 2025 et janvier 2026, et des mobilisations d’agriculteurs de grande ampleur ont secoué l’automne dernier. Les débats au sein du « Parlement du sanitaire » s’en sont trouvés tendus. La ministre de l’Agriculture Annie Genevard a fini par présenter les conclusions des assises, réunissant éleveurs, vétérinaires et autres acteurs concernés sous l’égide de son ministère.

Les orientations dévoilées promettent un système sanitaire plus efficace, porté par une gouvernance rénovée, un partage des responsabilités clarifié et un nouvel outil de financement. Les filières sont désormais invitées à construire leurs contrats sanitaires, ce qui acte le retard accumulé. Deux autres dossiers restent en chantier. La composition du Conseil national d’orientation de la politique sanitaire animale et végétale, avec des décrets attendus dans les prochains mois, et la répartition des financements entre l’Etat et les filières.

C’est justement ce financement qui crispe. Le ministère le dit sans détour, la prévention reste la responsabilité première des éleveurs. Mais l’Etat continuera d’indemniser ceux dont l’élevage est déclaré foyer, à hauteur par exemple des 18 millions d’euros versés pour la dermatose bovine. Un accompagnement temporaire pour de nouvelles mesures obligatoires reste envisageable, comme cela a été fait pour la vaccination contre l’influenza aviaire, aujourd’hui entièrement à la charge des éleveurs. La nouvelle doctrine répartit les rôles. Les vaccins reviennent aux éleveurs, la supervision à l’Etat, la surveillance est partagée. La filière canard redoutait un désengagement progressif de l’Etat sur le suivi de la vaccination, qui aurait fait peser la quasi-totalité des coûts sur ses épaules.

Les réactions traduisent les tensions. Stéphane Galais, porte-parole de la Confédération paysanne, s’inquiète du pouvoir donné aux filières pour établir les règles de biosécurité. Il cite la filière porcine, dominée par les élevages industriels, qui pourrait selon lui décider de règles incompatibles avec les élevages de porcs en plein air. Pour lui, l’Etat doit garder la main afin d’assurer la santé des populations, et la refonte du Parlement du sanitaire perpétue les déséquilibres.

Jean-Baptiste Sablairoles, vice-président des Jeunes Agriculteurs, voit les choses autrement. Il rappelle que la prévention coûte bien moins cher que la gestion de crise. Son syndicat veut étendre le Fonds national agricole de mutualisation du risque sanitaire et environnemental aux actions de prévention et de surveillance, une piste que la ministre a entrouverte, même s’il juge qu’on reste loin du compte. Il salue la création de comités scientifiques, regrette que les syndicats perdent un siège sur deux en session plénière, et pointe le retard du sanitaire végétal, qui n’a pas eu droit à ses assises.

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